Способ, предложенный Lukas Vacek, нашёл своё воплощение в его патче и вот сейчас его патч приняли разработчики Ubuntu 13.04.
Теперь можно переключиться на нужное вам окно приложения, используя меню быстрого запуска (quicklists).
Это действие для мышеводов, так как с помощью клавиатуры проще использовать Alt + Tab.
С помощью клавиатуры, кстати, можно переключаться между окнами приложений в режиме Spread. Вызываем Super + W и клавишами управления курсором перемещаемся между окнами, наблюдая за дьявольским огнём выделенного окна.
Обсуждается ещё один метод, который пока не реализован, переключения между множеством окон одного приложения - "прокрутка колесом мыши". Мышеводы смогут просто навести курсор мыши на значок приложения в Unity Launcher и, прокрутив колесом мыши, вывести нужное окно приложения перед собой.
Дополнительные материалы:
В Unity удалили область уведомлений.
Unity Ubuntu изнутри. Launcher. Создание quicklists.
Улучшения Ubuntu 13.04: память, индикаторы, области.