В PulseAudio 4.0 добавили код, позволяющий делать более изящно автоматическую регулировку задержки, но это может сломать ваш Скайп.
Данный код улучшает работу с запросами задержки ~80 mc. Но звук в Skype может пропадать или прерываться и даже воспроизводиться быстрее чем надо.
Разработчики Skype уведомлены об этой проблеме и вскоре проблема будет исправлена, но на данный момент вы можете выкрутиться из этой ситуации, изменив строку запуска Скайп.
sudo -e /usr/share/applications/skype.desktop
Приведите строку Exec к виду Exec=env PULSE_LATENCY_MSEC=60 skype %U
Дополнительные материалы:
PulseAudio эквалайзер в Ubuntu.
Как автоматически выключать музыку при звонке?